Cụ nội: Mạc Đăng Đạt đậu tiến sỹ đời Hồng Đức vợ là công chúa Ngọc Hoa.

Ông nội: Mạc Đăng Kiệt;

Bà nội: Đào thị Hàm.

Cha: Mạc Đăng Trắc: quê ở xã Cao Đôi, huyện Bình Hà (nay là thôn Long Động xã Nam Tân, huyện Nam Sách, Hải Dương) Mùa xuân năm Kỷ tỵ (1469) niên hiệu Quang thuận (1460-1469) Cụ bác, chú ruột Mạc Thái Tổ là Tạo sỹ (Tiến sỹ võ) Mạc Đăng Hùng Võ nghệ siêu quần, có tài đá cầu bị khép tội chết do đá cầu mua vui rơi vào chân Vua Lê Thánh Tông ngự xem trên thuyền rồng ở Sông Cầu. Gia đình họ hàng tránh đại họa phải chạy các nơi… Ông Mạc Đăng Thiệu cùng anh trai Mạc Đăng Thuật (tức Mạc Hịch- Mạc Bình) và cụ nội Mạc Đăng Kiệt và cụ tổ Mạc Đăng Trắc cùng gia đình anh em phải chạy lánh nạn xuống ở làng Cổ trai,Ngũ Đoan, Nghi Dương. Sinh tổ Mạc Đăng Lượng ở đây.

Mẹ: Đậu Thị Minh làng Câu Tử Nội xã Hợp Thành huyện Thủy Nguyên (Thủy Đường), Hải Phòng là cô bà thứ phi Đậu thị Giang vợ Thái Tông Mạc Đăng Doanh sinh ra Mạc Cảnh Huống.

Vợ: Mai Thị Huệ. Dòng họ Mai Khoa bảng thôn Trung xã Đào Tai huyện Quế Dương, Kinh Bắc nay là thôn Trung xã Đào viên huyện Quế võ tỉnh Bắc Ninh.

Các con: - Mạc Đăng Lưu đổi tên là Hoàng Đăng Lưu tự Pháp Lưu Tổ Chi họ có Từ Đường họ Hoàng Trần Đại Tôn xã Đặng Sơn.- Mạc Đăng Đạo đổi tên là Hoàng Đăng Đạo tự Nhã Đạo. Tổ Chi họ có Từ Đường Hoàng Trần - Hoàng Bá- Hoàng Văn làng Lương Sơn xã Bắc Sơn. - Mạc Đăng Kì đổi tên là Hoàng Đăng Kì tự Bá Kì.Tổ Chi họ Hoàng Bá có Từ Đường làng Khả Phong xã Nam Sơn.- Mạc Đăng Ngọc đổi tên là Hoàng Đăng Ngọc tự Kim Ngọc Tổ Chi Hoàng Sỹ có Từ Đường xã Yên Sơn- Mạc Đăng Thuật đổi tên là Hoàng Đăng Thuật tự Phúc Diện Tổ chi họ Hoàng Văn có Từ Đường xã Đà Sơn.

Em trai: Mạc Đăng Hào tức Mạc Đăng Tuấn năm 1535 cùng vào Trấn thủ đất Hoan Châu. Năm 1591 Vua Mạc Mậu Hợp đặc tiến Kinh Diên (Điều ra Thăng Long) Sau năm 1592 đổi tên Hoàng Tuấn Ngạn, mộ phần hiện không rõ.

Duệ hiệu: Lê Triều Quốc tử Giám sinh.Đặc tiến kinh diên, Khâm tặng Minh Tề Đại Vương, anh dũng Thành Hoàng tự Đăng Tuấn Thượng Đẳng thần.